馬來西亞主要由中間隔著中國南海的東馬來西亞及西馬來西亞組成。馬來西亞大部分的沿海地區都是平原，中部則是佈滿茂密熱帶雨林的高原。最高山峰是處於沙巴州的京那巴魯山。近赤道，氣候潮濕炎熱。每年四月至十月間吹西南風，十月至二月間吹東北風。

位於北緯7度、東經110度，南鄰新加坡，北接泰國，國土面積32.975萬平方公里，到台灣的飛行距離為3,243公里（約5小時），無時差。

馬來西亞海岸線長4192km。馬來半島中為山地，兩側為平原，沿海沼澤廣布。

在加里曼丹島北部主要由砂拉越和沙巴組成，其沿海多為平原，內地多為森林覆蓋的丘陵和山地。

最高峰為京那巴魯山（又名神山、中國寡婦山），位於沙巴，海拔4101米。

河流主要有霹靂河、彭亨河（馬來半島最長河流）、拉讓江（馬來西亞及砂拉越最長河流）、京那峇當岸河（沙巴最長河流，別譯“基納巴唐岸河”）等。

西馬(半島)可被分為四個部分，分別為北馬/ 中馬/ 南馬/ 東海岸

而東馬則可被分為沙巴和砂拉越兩個部分。